Установка R в Ubuntu 16.04

Linux, Ubuntu | Amber | Комментировать запись

R – это популярный открытый язык программирования, который специализируется на статистических расчетах и графиках. Он широко используется специалистами для разработки программного обеспечения для статистики и проведения анализа данных. Одним из преимуществ R является его расширяемость. Сообщество R постоянно добавляет новые пользовательские пакеты, которые можно применить для сбора статистики в различных областях науки.

Данное руководство научит вас устанавливать R и добавлять пакеты.

Примечание: Для примера в руководстве используются пакеты Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Требования

• Сервер Ubuntu 16.04.
• Пользователь с доступом к команде sudo (подробнее об этом – в руководстве по начальной настройке сервера).
• Минимум 1 Гб оперативки.

1: Установка R

Проект R очень быстро развивается, потому версия R, которую можно найти в репозитории Ubuntu, уже устарела. Чтобы получить последнюю версию R, добавьте внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN.

Примечание: CRAN предоставляет надёжную поддержку репозиториев, однако следует помнить, что не все внешние репозитории безопасны. Устанавливайте пакеты только из надёжных источников.

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg: requesting key E084DAB9 from hkp server keyserver.ubuntu.com
gpg: key E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1  (RSA: 1)

Теперь на сервере есть ключ, с помощью которого он проверит подлинность репозитория, и можно добавить сам репозиторий:

sudo add-apt-repository 'deb [arch=amd64,i386] https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/'

Обновите индекс пакетов, чтобы добавить списки пакетов из нового репозитория.

sudo apt-get update
. . .
Get:6 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ InRelease [3,590 B] Get:7 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages [31.5 kB] . . .

Если в выводе команды вы увидели такие строки, репозиторий успешно добавлен. Теперь можно установить R:

sudo apt-get install r-base

На момент написания статьи последней версией CRAN является 3.3.1, вы увидите её во время запуска R. Чтобы библиотеки R были доступны для всех системных пользователей, запустите R как пользователь root.

sudo -i R
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
. . .
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>

Если на экране появился такой вывод, значит, установка R прошла удачно, и теперь вы можете взаимодействовать с интерактивной оболочкой программы.

2: Установка пакетов R из CRAN

Одна из причин популярности R – это огромное количество вспомогательных пакетов и аддонов. Для примера попробуйте установить txtplot, библиотеку графиков ASCII (она включает поддержку точечных, линейных графиков, гистограмм и т.п.).

install.packages('txtplot')

Во время установки пакета вам будет предложено выбрать зеркало, из которого нужно установить пакет.

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
HTTPS CRAN mirror
1: 0-Cloud [https]                 2: Algeria [https] 3: Australia (Melbourne) [https]   4: Australia (Perth) [https] 5: Austria [https]                 6: Belgium (Ghent) [https] 7: Brazil (SP 1) [https]           8: Bulgaria [https] 9: Canada (MB) [https]            10: Chile [https] 11: China (Beijing 4) [https]      12: Colombia (Cali) [https] 13: Czech Republic [https]         14: Denmark [https] 15: France (Lyon 1) [https]        16: France (Lyon 2) [https] 17: France (Marseille) [https]     18: France (Paris 2) [https] 19: Germany (Falkenstein) [https]  20: Germany (Münster) [https] 21: Iceland [https]                22: Ireland [https] 23: Italy (Padua) [https]          24: Japan (Tokyo) [https] 25: Malaysia [https]               26: Mexico (Mexico City) [https] 27: New Zealand [https]            28: Norway [https] 29: Philippines [https]            30: Russia (Moscow) [https] 31: Serbia [https]                 32: Spain (A Coruña) [https] 33: Spain (Madrid) [https]         34: Switzerland [https] 35: Taiwan (Chungli) [https]       36: Turkey (Denizli) [https] 37: UK (Bristol) [https]           38: UK (Cambridge) [https] 39: UK (London 1) [https]          40: USA (CA 1) [https] 41: USA (IA) [https]               42: USA (KS) [https] 43: USA (MI 1) [https]             44: USA (TN) [https] 45: USA (TX) [https]               46: USA (WA) [https] 47: (HTTP mirrors)
Selection: 1

В данном примере мы выбрали 0-Cloud, что создаст подключение к сети доставки контента (cdn), поддерживаемой RStudio. В течение сессии это зеркало будет зеркалом по умолчанию. В следующей сессии вам будет предложено выбрать новое зеркало.

Примечание: Перед списком зеркал должны быть строки, сообщающие об установке пакета:

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

После завершения установки можно загрузить txtplot:

library('txtplot')

Если на экране не появилось уведомлений об ошибках, значит, загрузка библиотеки прошла успешно. Попробуйте поработать с ней и построить простой график с осью меток. В качестве примера используются данные пакета datasets, который содержит скорость и тормозной путь автомобилей на основе данных 1920-х годов:

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = "speed", ylab = "distance")
......+----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
..120 +                                                   *    +
......|                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
...20 +           *    *  * *       *                          +
......|  *      *    *                                         |
....0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
...........5          10           15          20          25
......speed

Примечание: Чтобы узнать о txtplot больше, используйте help(txtplot).

Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить с CRAN с помощью install.packages(). Чтобы узнать больше о доступных пакетах, откройте список официальных пакетов зеркала.

Заключение

Язык программирования R успешно установлен на сервер. Теперь вы можете установить открытый сервер RStudio, интерфейс для R на удаленном сервере Linux, который предоставляет IDE.

Читайте также: Установка пакетов R с помощью devtools в Ubuntu 16.04