Shiny – это пакет R, который позволяет преобразовывать код R в интерактивные веб-страницы. Предоставляемый RStudio сервер Shiny Server используется для размещения и обслуживания приложений Shiny. Кроме того, Shiny Server может обслуживать интерактивные документы R markdown. Shiny Server поставляется в двух версиях: свободный сервер с открытым исходным кодом и платный профессиональный сервер с более широким набором функций.
В этом руководстве речь пойдёт об установке Shiny Server на виртуальный выделенный сервер Ubuntu 14.04. В целом, приведённые здесь инструкции подойдут и для других версий Ubuntu; при использовании других дистрибутивов Linux не забудьте отредактировать некоторые команды. Это руководство поможет установить открытый сервер Shiny, но его можно использовать и для установки Shiny Server Professional.
Требования
Для выполнения инструкций понадобится:
- Настроенный сервер Ubuntu 14.04.
- 1 GB оперативной памяти + 1 GB своп-пространства, или же 2 GB оперативной памяти (руководство по настройке своп-файла можно найти по этой ссылке).
- Предварительно установленная последняя версия R.
- Не-root пользователь с правами sudo.
Все команды в руководстве нужно запускать с правами sudo.
Примечание: Вместо yourserverip нужно указать IP-адрес сервера.
1: Установка Shiny
Прежде чем приступить к установке Shiny Server, нужно R-пакет shiny. Чтобы выполнить глобальную установку этого пакета, запустите:
sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
Примечание: Некоторые пользователи предпочитают устанавливать пакеты из оболочки R, а не из командной строки. Но в таком случае пакеты будут доступны только для учётной записи, при помощи которой был установлен пакет. Установка пакета R из командной строки – это надёжный способ обеспечить доступ к этому пакету для всех пользователей системы, а не только для пользователя, при помощи которого запускается R.
2: Установка Shiny Server
Для установки Shiny Server понадобится инструмент GDebi. Чтобы загрузить GDebi, используйте:
sudo apt-get install gdebi-core
Теперь всё готово к установке Shiny Server.
Используйте следующую команду, чтобы загрузить Shiny Server (учитывая, что Ubuntu имеет 64-битную архитектуру):
wget -O shiny-server.deb http://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-1.3.0.403-amd64.deb
Эта команда загрузит последнюю доступную версию Shiny Server (на данный момент это 1.3.0.403). Узнать о выходе новых версий и загрузить их можно на официальной странице Shiny Server (не забудьте заменить ссылку в команде). Пользователи, использующие 32-битную систему Ubuntu, должны посетить страницу загрузки Shiny Server, чтобы получить отдельные рекомендации для операционной системы.
Теперь используйте GDebi для установки только что загруженного файла:
sudo gdebi shiny-server.deb
После установки Shiny Server будет запущен на порт 3838. Открыв в браузере следующую ссылку, вы увидите стандартную приветственную страницу:
http://your_server_ip:3838/
Welcome!
If you’re seeing this page, that means Shiny Server is installed and running. Congratulations! […]
Чтобы убедиться в том, что сервер работает корректно, откройте ссылку:
http://your_server_ip:3838/sample-apps/hello/
3: Размещение интерактивных документов R markdown
Как уже говорилось ранее, Shiny Server позволяет размещать не только приложения, но и интерактивные документы R markdown.
Примечание: Подробную информацию о таких документах можно найти здесь.
Итак, на данный момент у вас есть сервер Shiny Server, полностью готовый к размещению приложений. Для поддержки интерактивных документов R markdown сервер нуждается в пакете rmarkdown. Shiny Server поставляется с простым интерактивным документом который доступен здесь:
http://your_server_ip:3838/sample-apps/rmd/
Но если попробовать открыть эту ссылку сейчас, на экране появится ошибка. Установите пакет rmarkdown, чтобы устранить её:
sudo su - -c "R -e \"install.packages('rmarkdown', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
Теперь Shiny Server готов к обслуживанию документов R markdown. Чтобы убедиться в этом, снова откройте ссылку:
http://your_server_ip:3838/sample-apps/rmd/
4: Установка Shiny Server Professional (опционально)
Если вы купили лицензию Shiny Server Professional, следуйте инструкциям данного раздела.
Вместе с лицензией RStudio предоставит URL-адрес для загрузки файла Shiny Server Pro; загрузите этот файл.
wget -O shiny-server-pro.deb Shiny_Server_Pro_URL
Установите Shiny Server Pro при помощи команды:
sudo gdebi shiny-server-pro.deb
Кроме того, RStudio предоставит специальный ключ, необходимый для активации Shiny Server Pro.
sudo /opt/shiny-server/bin/license-manager activate Product_Key
Перезапустите Shiny Server, чтобы включить версию Professional:
sudo reload shiny-server
Дополнительные рекомендации
Итак, теперь на сервер Ubuntu установлен Shiny Server, позволяющий обслуживать интерактивные документы и приложения.
Конфигурационный файл Shiny Server – /etc/shiny-server/shiny-server.conf. по умолчанию сервер обслуживает приложения в каталоге srv/shiny-server/. То значит, что приложение, находящееся в каталоге /srv/shiny-server/app_name, доступно в сети по ссылке http://your_server_ip:3838/app_name/.
Чтобы узнать, как выполнить пользовательскую настройку сервера и как им управлять, читайте руководство администратора Shiny Server.
Руководство по созданию приложений Shiny можно найти здесь.
Узнать, как пишутся интерактивные документы R Markdown, можно по этой ссылке.
Заключение
Итак, теперь благодаря Shiny Server на виртуальном выделенном сервере можно размещать приложения Shiny и интерактивные документы R Markdown.